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El plan de estudios de la Maestría en Ciencias Matemáticas pretende impulsar el desarrollo de la ciencia en el estado de Chiapas. Este plan considera a la formación del estudiante como una actividad sustantiva que posibilita la mejora de las condiciones económicas, sociales y culturales a través de la investigación.

Asimismo, tiene como finalidad sentar las bases de manera sólida para que los estudiantes se desempeñen de manera eficiente y con altos niveles de calidad, generando mayores posibilidades académicas para que estos se desarrollen de forma sobresaliente y continúen estudios de nivel doctorado.